Организация "Hebi" (Змея) - преспешники Орочимару, а так же те, кто одобряет его "дело"; члены организации отлавливают шиноби с геномом и стараются усилить его свойства;

Организация "Senshi" (Воин) - шиноби, целью которых стал захват и последующее убийство людей, которые повлекли за собой смерть кого-то из организации или их семей; сюда же входят Семь Мечников Тумана; так же, организация "Воин" является самой крупной из всех существующих организаций, т.к. одной из их целей является отлов биджу;

Организация "Sadisuto" (Садист) - люди, потерявшие веру во все духовное или же преспешники Джашина; цель их существования - убийства ради убийства;

Организация "Senkyōshi" (Миссионеры) - шиноби, нацеленные на выполнение заданий и миссий, возложенных на них лидерами всех организаций; стоит заметить, что эти шиноби обязаны беспрекословно выполнять порученные миссии, как бы сложны они не были.